Moleküllerin görüntüleme pratiği kimyasal kavramların iletilmesinde
esastır. Üç boyutlu görüntüleme moleküllerin algılanmasında
olağanüstü kolaylık sağlar. Belirtilen gereksinim sebebiyle
moleküler yapı görüntüleyicisi olarak birçok yardımcı uygulamalar ve
plug-in’ ler geliştirilmiştir. Yardımcı uygulamalar bağımsız olarak
çalışabilen ve dosya üzerinde değişikler yapabildiğimiz
programlardır. Plu-in’ ler ise bağımsız olarak çalışamayan sadece
web browserinin fonksiyonlarını ve görüntüleme kapasitesini
arttıran programlardır.