ERCİYES ÜNİVERSİTESİ

 

Metin AK

Pamukkale Üniversitesi

Fen edebiyat Fakültesi

KİMYA BÖLÜMÜ

 

- Ana Sayfa

- CV
- Bildiriler
- Makaleler
- Ders Programı
- Dersler
- Linkler
- Mathcad
- İnteraktif Kimya
     Kimyasal MIME
     Gif Animasyonları
     VRML
     JAVA
     İnteraktif NMR
     İnteraktif IR
     İnteraktif MS
- Leaching Kinetic
- Chemical Software
- Chemical Journal
- İletişim
- Güncel Haberler
- Fotoğraf Albümü
- Ziyaretçi Defteri
 

 

 

 

  KİNeMAGe

 

KineMage(Kinetic İmages):

Kinemage (MAGE olarakta bilinir) biyokimyacıların sık kullandıkları popüler programlardan biridir. Bu program DNA ve protein yapılarını görüntülemek amacıyla tasarlanmıştır. Kinemage’ nin molekül görüntüsü, açıklama ve kontrol panosu için ayrı ayrı birkaç pencerenin açılması bakımından Rasmol’ den farklıdır. Kontrol paneli yardımıyla moleküllerin sadece belli bölgeleri görüntülenebilir. Örneğin molekül sadece backbone formatıyla görüntülenebilir ya da moleküldeki disülfit ve hidrojen bağları  veya metal atomları görüntülenip görüntülenmeyeceği kullanıcının tercihindedir.

Kinemage Protein Science dergisinin on-line versionu için seçilen bir programdır.  Bu program sadece kinemage formatlı dosyaları okumak amacıyla tasarlanmış olması programın bir dezavantajıdır. Çünkü çoğu protein ve nükleik asit serileri Brookhaven Protein Data Bank formatında (PDB) tanımlanmıştır. Fakat bu dezavantaj ilave bir program kullanılarak (Prekin) giderilebilir. Prekin PDB formatlı dosyaları Kinemage’ nin görüntüleyebildiği KIN formatına dönüştürebilir. Kinemage Jane ve David Richardson (Duke University,  Durham, USA) tarafından yazılmıştır.

Kinemage’ nin Özellikleri

  1. Maousla molekülü döndürebilir, büyütebilir ya da değiştirme yapabiliriz.

  2. Moleküller stereo formları görüntülenebilir.

  3. Bağ uzunlukları ve açılar  ölçülebilir.

  4. Farklı konformasyonların önceden tanımlanmış animasyonları arasında geçiş yapılabilir.

       

 
Ar. Gör. METİN AK
Pamukkale Üniversitesi, Fen edebiyat Fakültesi.
<<< KİMYA BÖLÜMÜ >>>
metinak@pamukkale.edu.tr