|
Web
sayfalarında interkatif üç boyutlu moleküllerin görüntülenmesi büyük
ölçüde Multipurpose İnternet Mail Extensions (MIME) olarak bilinen
ve Borenstein ve Freed tarafından elektronik mailler için tasarlanan
bir mekanizma sayesinde olur1
WWW’ in farklı dosya türlerini görüntüleyebilmesi büyük oranda MIME
standardı yardımıyla olur. HTML (Hypertext Markup Language) ile
oluşturulmuş web sayfaları yazı ve GIF (Graphics Interchange
Format), JPEG (Joint Photographic Experts Group) gibi belirli resim
formatlarını otomatik olarak görüntüleyebilir. Bu formatların
dışındaki diğer formatlar ise ancak yardımcı programları kullanarak
görüntüleyebilir. Bu uygulama browserde MIME tiplerinin kullanımıyla
düzenlenmiştir. Her tipteki dosyanın MIME kodu bir baş kısım ve bir
alt kısımdan oluşmuştur. Örneğin baş kısım/alt kısım formatıyla bir
JPEG resim dosyası image/jpeg, Microsoft Word dosyası
application/msword, MPEG film dosyası video/mpeg MIME’
sine sahiptir.
WWW’ de
MIME standardının kullanımı şu şekilde olur. Kullanıcı HTML dökümanı
içinde bir linke tıkladığında, işaretlenen web serverine istek
postalanır. Server dosyanın yerini saptar ve uygun MIME tipi ekli
olarak kullanıcı browserine ulaştırır. Browser dosyanın MIME tipini
tanımlamak amacıyla okur ve dosyayı çalıştırabilen yardımcı programı
saptar. Sonra browser uygun programı başlatır ve kullanıcı istenilen
dosyayı görüntüleyen yeni pencereyi görür. Örneğin kullanıcı
Microsoft Word dosyasını isterse dosya servere application/msword
tipindeki MIME ekiyle gelir. Browser uygun yardımcı program olarak
Microsoft Word’ u saptar, word çalışır ve istenen dosya açılır.
Kullanıcının linke tıklamasından sonraki tüm işlemler otomatik
olarak gerçekleşmekte ve açılan yeni pencerede dosya içinde
istenilen değişiklikler yapılabilmektedir.
Kimyasal
MIME tiplerinin önerilmesi internette kimya yayımcılığının
gelişmesindeki en önemli olaydır. PDB (protein data bank) formatında
bir kristal yapı chemical/x-pdb MIME tipi ile internette yeralabilir.
Kullanıcılar dosyaya ulaştığında dosyanın browserlerinde
görüntülenebilmesi için MIME tipi okunur ve PDB dosyaları için
kullanılan Rasmol programı çalışır. Bu program sayesinde
kullanıcılar kimyasal molekülleri istedikleri yöne çevirebilir,
rengini ve büyüklüğünü değiştirebilirler. Fakat matbu dergilerde bu
molekülleri ancak durağan ve belki de tek renkli olarak
görüntülenebilmektedir. Kimyasal MIME kullanımı kimyacılara
internette aktuel verilerin, molekül yapılarının, spektrumların v.b.
etkileşimli olarak kullanımına olanak sağlar. Tablo 1’ de farklı
türdeki kimyasal dosyaların MIME tipleri ve bunların
görüntülenmesini sağlayan yardımcı programlar verilmiştir.
|
MIME Tipi |
Dosya
Uzantısı |
Yardımcı Program |
|
chemical/x-pdb
Protein Databank Formatı olarak geliştirilmiştir. Tüm
platformlarda kullanılması sebebiyle çok tercih edilir. |
PDB |
Unix, Win., Mac.
Rasmol-Glaxo
Welcomme |
|
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
Unix-Any X-Windows Env.
XMol-Network
Computing Services |
|
Win.,
Mac.
CS
Chem3D-Cambridge
Software |
|
chemical/x-mdl-molfile
Xmol formatı orijinli olarak geliştirilmiştir. |
MOL |
Unix, Win., Mac.
Rasmol-Glaxo
Welcomme |
|
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
Unix, Win., Mac.
ISIS/Draw-MDL |
|
Win.,
Mac.
CS
Chem3D-Cambridge
Software |
|
Win.,
Mac.
CS
ChemDraw-Cambridge
Software |
|
chemical/x-mdl-tgf
Kompleks kimyasal reaksiyon mekanizmasını örneklemekte
kullanılabilen “tgf” formatının MDL Information System
tarafından yayınlanmış standartlarla geliştirilmiştir.
|
TGF |
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
Unix, Win., Mac.
ISIS/Draw-MDL |
|
Win.,
Mac.
CS
ChemDraw-Cambridge
Software |
|
chemical/x-mdl-rxn
Basit reaksiyonların 2D olarak gösterilmesinde kullanılır. |
RXN |
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
Unix, Win., Mac.
ISIS/Draw-MDL |
|
chemical/x-jcamp-dx
Bilgisayarda okunabilen formda spektrum değişimi için standart
formattır. J-Camp-DX IR, NMR, Mass, ve UV/Vis spektrumlarını
görüntülemede kullanılır. |
JDX |
Win.,
Mac
Chime 2.0-MDL |
|
chemical/kinemage
|
KIN |
UNİX, Win., Mac.
Mage-Protein
Science |
|
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
chemical/x-chemdraw |
CHM |
Win.,
Mac.
CS
ChemDraw-Cambridge
Software |
|
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
chemical/x-chem3d |
C3D |
Win.,
Mac.
CS
ChemDraw-Cambridge
Software |
|
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
Chemical/x-xyz
|
XYZ |
Win.,
Mac.
Chime-MDL |
|
Unix, Win., Mac.
Rasmol-Glaxo
Welcomme |
|
Unix-Any X-Windows Env.
XMol-Network
Computing Services |
|
