Rasmol (Raster Molecules):
Dr. Roger Sayle (University
Edinburg) tarafından yazılmış olan Rasmol çeşitli formatlardaki
dosyalarda bulunan molekülleri görüntüleyebilen en iyi freeware
programlardan birisidir. Bu program DNA ve makromoleküller gibi
kompleks biyokimyasal sistemleri içeren çeşitli formatlardaki
dosya türlerini görüntüleyebilir. Görüntüleyebildiği dosya
türleri,
Brookhaven Protein Data Bank (PDB),
Tripos/
Alchemy,
Sybyl Mol2,
MDL MOL dosyaları, Minnesota Supercomputer Center’s (MCS),
XMol, XYZ ve CHARMm dosya formatlarıdır.
|
![](../../resim/rasmol.jpg) |
Rasmol molekülleri wireframe, ball and stick, dreiding cylinder, CPK
space-filling, dot surface ve cartoons, ribbons gibi farklı
formatlarda görüntüleyebilir.
Rasmol’ ün en büyük
avantajlarından birisi de çeşitli formatlardaki molekülleri GIF gibi
tanınmış resim dosyalarına dönüştürebilmesidir.
Rasmol’ ün menü özelliği sınırlıdır. Manuel olarak değişiklik
yaptıktan sonra kaydetme özelliği yoktur. Diğer bir dezavantajı da
bir kerede sadece tek molekül görüntülenebilmesidir. Şekilde
görülen kontrol panosu ile moleküllerin bağ uzunlukları, bağ açıları
hesaplanır. (Raster: Bağımsız renkli noktalar matriksidir.)
Rasmol’ ün Özellikleri
-
Maousla molekülü döndürebilir,
büyütebilir yada değiştirebiliriz.
-
Seçilen molekülü ball stick,
spacefilling, ribbons v.b. formatlarda görüntüleyebiliriz.
-
Çeşitli renk düzenlerini
uygulayabiliriz. (seconder yapı, sıcaklık v.b.)
-
Molekülün açıları ve bağ uzunlukları
ölçülebilir.
-
Diğer dosya formatlarına
dönüştürülebilir. (GIF, Kinemage, MolScript v.b.)
|