Windows Protein Data Bank (WPDB):
PDB formatındaki üç boyutlu biyokimyasal
makromolekülleri görüntüleyebilen programlardan biridir. Bu program
Computational Center for Macromolecular Structure (CCMS) (San Diego
Supercomputer Center) tarafından ücretsiz olarak dağıtılmaktadır. WPDB programı
içerisinde birçok protein, nükleik asit ve ilginç makromoleküllerin PDB
dosyaları, arama araçları ve makromoleküllere ait hidrofobiklik, polarite,
izoelektrik nokta gibi özellikler hazır olarak bulunmaktadır.
SWISS-PDB
Viewer:
SWISS-PDB Viewer (önceki adı Prot3Dviewer) yine PDB dosyalarını görüntüleyebilen
bir uygulama programıdır. Birkaç protein aynı anda analiz edilebilir ve bu
proteinlerin aktif bölgeleri ve diğer ilgili bölümleri karşılaştırılabilir.
Aminoasitlerin mutasyonları, atomlar arasındaki uzaklıklar, açılar ve hidrojen
bağları gibi bilgiler menü arayüzeyleri ve öğretici grafikler ile kolaylıkla
elde edilebilir.
